In Romania l'obiettivo della "nazionalizzazione" delle Chiese ha caratterizzato costantemente la politica del regime. Una forte pressione è stata esercitata, nei primi anni, anche nei confronti della Chiesa ortodossa, guidata dal Patriarca Nicodim, profondamente avverso al regime. Vescovi, monaci, preti furono arrestati dalla "seguritate" e molti vennero reclusi nei campi di lavoro, come quello di Peninsule, presso il cantiere di costruzione del canale Danubio-Mar Nero. Dal 1948 il nuovo Patriarca ortodosso, Iustinian, riuscì a trovare un accordo col regime comunista che permise alla Chiesa ortodossa di continuare le sue funzioni seppure con moltissime limitazioni e, in alcuni periodi, persino di prosperare. Ciò non significa che la Chiesa ortodossa in Romania non abbia però duramente sofferto e oggi possa onorare numerosi martiri.

Il carattere di marxismo nazionalista assunto dallo Stato socialista di Romania ha determinato un duplice registro nei rapporti tra Stato e Chiesa. I governi di Gheroghiu-Dej e di Ceausescu, da una parte, perseguivano la costruzione dell'uomo nuovo socialista, liberato - affermavano - dalle superstizione religiose. D'altra parte valorizzavano la particolarità nazionale, funzionale all'esaltazione della via romena al socialismo, e quindi riconoscevano il ruolo dell'ortodossia nella civiltà romena. Il legame profondo tra nazione e religione è, infatti, alle radici dell'identità nazionale romena. La sua compenetrazione con la storia nazionale e il largo seguito popolare erano un elemento di forza per la Chiesa ortodossa la cui gerarchia cercava buone relazioni col governo mantenendo, al fondo, cripticamente, una netta riserva anticomunista.

La politica dei comunisti romeni contro la Chiesa cattolica fu implacabile. Il 19 luglio 1948 venne denunciato il concordato con la Santa Sede firmato nel 1929. Inzialmente la persecuzione si concentrò sui greco-cattolici, circa un milione e mezzo, presenti soprattutto in Transilvania, la cui Chiesa fu liquidata dallo Stato il 1 dicembre 1948. Seguì una brutale repressione di quanti non accettarono la fusione con gli ortodossi. Più tardi la persecuzione colpì la Chiesa cattolica di rito latino composta da minoranze nazionali, come quella ungherese. I tentativi governativi di inquadrare la Chiesa cattolica sotto il diretto controllo dei funzionari incontrarono la tenace resistenza della Nunziatura Apostolica e del clero. Nel 1950 venne espulso il Nunzio Apostolico a Bucarest, Mons. O'Hara. Nel 1951 la repressione si fece più dura e gli arresti continui. In pratica non si salvò nessuno, tra minacce e torture.

In Romania, il Nunzio era ancora in sede quando cominciarono le prime avvisaglie della repressione. In prima fila, contro la Chiesa cattolica, si schierarono ben presto gli ortodossi, allineati con i sovietici secondo il modello ucraino. Quell'atteggiamento di compromesso con il potere e di alleanza contro i cattolici è stato uno dei momenti più bui della Chiesa ortodossa romena. Così il bersaglio immediato furono i greco-cattolici che erano oltre un milione e mezzo. Un decreto del 1948 impose la riunione forzata nell'alveo dell'ortodossia. Le diocesi di rito orientale furono soppresse e i beni confiscati. Dei cinque Vescovi che fecero resistenza, quattro furono mandati in carcere. Un altro atto ostile contro la Chiesa fu la denuncia del concordato del 1927. Un decreto colpì anche i cattolici di rito latino, anche se con minore ferocia rispetto ai greco-cattolici.

Al posto dei Vescovi di rito orientali imprigionati, nell'ottobre 1948 ne vennero clandestinamente ordinati sei. Era il segno di una indomita volontà di resistere che né le minacce, né le torture, né il carcere riuscirono a indebolire. Tre di questi Vescovi morirono presto in prigionia per maltrattamenti: Vasile, Durcovici e Sandor. Gli altri subirono il carcere duro e furono poi confinati. Tra loro c'erra Iuliu Hossu che Papa Paolo VI avrebbe creato Cardinale "in pectore", cioè senza rivelarne il nome, nel 1969 per poi renderle pubblica la nomina nel 1973, tre anni dopo la morte del Pastore. Tra gli arrestati c'era anche Alexandru Todea che tuttavia poco dopo riuscì a fuggire. Di nuovo arrestato, ha scontato una prigionia tremenda e lunghi anni di lavori forzati. Nel Concistoro del 1991, il primo indetto dopo la liberazione, Giovanni Paolo II lo ha creato Cardinale.