All'inizio del 1940 il Vescovo di Masaka in Uganda, chiese alla Pontificia Opera di San Pietro Apostolo di essere aiutato a mantenere un suo sacerdote a Roma per perfezionarsi negli studi superiori presso gli Atenei Romani.
Il Presidente del Consiglio Superiore dell'Opera, in quell'epoca Sua Eccellenza Monsignor Celso Costantini, Segretario della Sacra Congregazione di Propaganda Fide, si è pronunciato favorevole all'istanza, ed un altro membro del Consiglio, Mons. Rosso, accennò alla convenienza di pensare fin da allora ad una casa destinata a sacerdoti provenienti dai territori di missione, come residenza durante gli anni di studi superiori. A questa proposta Monsignor Costantini ha dato il suo assenso, a condizione però che si nominasse un Rettore responsabile per i giovani sacerdoti studenti.
Era così nata l'idea del Collegio San Pietro. Tuttavia, passarono due anni, ancora prima che il Consiglio Superiore dell'Opera di San Pietro Apostolo ridiscutesse la questione della casa. In quell'occasione, furono prese in esame le due principali difficoltà, in cui il Collegio Urbano era venuto a trovarsi e cioè: 1. La mancanza di libero accesso a Roma per i seminaristi provenienti dai territori di missione, a causa della guerra; 2. il crescente numero di seminari locali nelle missioni che sembrava rendere il Collegio Urbano meno necessario. Quindi è stata sollevata la possibilità di cambiare la destinazione del Collegio dai seminaristi ai sacerdoti provenienti dalle missioni. Questo suggerimento ha ovviamente provocato una vivace discussione, al termine della quale Monsignor Costantini indicò si l'opportunità di fondare un Collegio separato e distinto per i sacerdoti com'era già prospettato, ma lasciando il Collegio Urbano per l'uso dei seminaristi.
Proprio in quel momento storico – la seconda guerra mondiale - l'Opera di San Pietro Apostolo si è trovata in una situazione favorevole per pensare alla fondazione di questo nuovo Collegio. A causa della guerra, appunto e del conseguente blocco delle valute, il denaro a disposizione della Pontificia Opera di San Pietro Apostolo non poteva essere inviato alle missioni; inoltre esisteva il reale pericolo di svalutazione. Quindi, il Consiglio Superiore su proposta di Sua Eccellenza Monsignor Costantini, decise di procedere con il progetto del Collegio per i sacerdoti, incaricando la commissione finanziaria di studiarlo in concreto. Fu pure suggerito un possibile nome per il nuovo Collegio: "Pastor Angelicus", in onore del Giubileo del Santo Padre Pio XII. Si pensava che questo nome avrebbe favorito la collaborazione di numerosi benefattori.
Nel momento in cui Monsignor Costantini ha informato il Papa di quest'intenzione del Consiglio Superiore dell'Opera, il medesimo Sommo Pontefice si è mostrato entusiasta dell'idea del Collegio ma riluttante sul nome prospettato, dando come motivazione il fatto che egli era ancora tra i vivi e quindi, ha suggerito che il Collegio fosse denominato "San Pietro Apostolo", proprio perché era la Pontificia Opera di San Pietro Apostolo che ne ha voluto la sua esistenza.
Furono prese in considerazione diverse proprietà per il Collegio: una al Gianicolo, nella vicinanza del Collegio Urbano, per facilitare l'accesso all'Ateneo di Propaganda Fide; un'altra sulla via Aurelia; una terza ai Pari oli; una quarta sulla Via Mura Aurelie al n. 8 (cosi si chiamava in quell'epoca) ed infine una quinta sulla medesima strada al n. 4, denominata la "Villa Casale", costruita su un terreno di quasi 4 mila metri quadrati.
La Contessa Casale, all'inizio delle trattative, richiedeva la somma di US $ 63.000, che era molto ingente. Monsignor Signora, Segretario Generale della Pontificia Opera di San Pietro Apostolo, dovendo attenersi al tetto massimo fissato dal Consiglio Superiore, dopo lunghe, laboriose e interrotte trattative, convinse la Contessa ad accettare appunto l'offerta di $US 40.000. Così il terreno divenne di fatto proprietà dell'Opera di San Pietro Apostolo, anche se per ragioni giuridiche, il contratto sia stato stipulato dalla Sacra Congregazione "de Propaganda Fide".
Il collegamento tra la Sacra Congregazione de Propaganda Fide e la Pontificia pera di San Pietro Apostolo non si limita certo alla proprietà dell'immobile. Esso è molto più profondo come ha egregiamente sottolineato Sua Eminenza il Cardinale Agnelo Rossi, in una lettera inviata al Rettore del Collegio San Pietro in data 22 Febbraio 1972, in occasione del 25° anniversario di fondazione. In essa leggiamo: "Un progetto di un Collegio a Roma per i giovani preti dei territori di missione, corrisponde in modo eminente agli scopi della Pontificia Opera di San Pietro Apostolo, indicati nel Motu Proprio 'Vix ad summi' di Pio XI del 24 giugno 1929, in cui scrisse: 'La Pontificia Opera di San Pietro Apostolo, per sua natura, deve dare la propria collaborazione alla Sacra Congregazione "de Propaganda Fide" per una formazione intensamente spirituale ed appropriata del clero nativo e per l'erezione di seminari ovunque le circostanze lo richiedono'". In questo arco di 50 anni di vita, il Collegio ha avuto segni di tangibile predilezione da diversi Papi. Nella sua prima visita a questo Collegio (21 giugno 1964) un anno dopo la sua elezione, Paolo VI ha sottolineato un valore fondamentale della formazione che qui si può ricevere: "In questo Collegio i giovani possono avere notizia ed esperienza di ciò che è veramente la Chiesa Cattolica, come solamente a Roma è possibile conseguire". E in un'altra visita, il giorno dell'Epifania del 1970, ha ribadito lo scopo del Collegio: "E' una casa di studio, cioè di silenzio, di raccoglimento e di pensiero....Benedirete un giorno questa casa; altri la benediranno con voi, come l'officina intellettuale e spirituale che vi ha abilitato a dare testimonianza con l'arte tradizionale e moderna della parola, della penna e della vita al Messaggio Evangelico, alla Fede ed alla carità della Chiesa".
Il valore caratteristico di questo Collegio, come è risaputo, sta nel fatto che esso non è un Istituto per sacerdoti da un determinato paese o regione, ma una comunità formativa ed unita di sacerdoti provenienti da ogni parte del mondo, diversi tra loro, per lingua, razza, cultura e tradizioni. Qui, grazie a Dio, sono garantite in modo armonico e con strutture di sostegno, le varie dimensioni della formazione permanente: umana, intellettuale, spirituale e pastorale.
Come afferma Giovanni Paolo II nell'Esortazione Apostolica Pastores dabo vobis no. 74 : "E' in un tale ambiente che un sacerdote diviene sempre più consapevole, della fisionomia del presbiterio, quella di una vera famiglia, di una fraternità i cui legami non derivano dalla carne e dal sangue, ma dalla grazia sacramentale dell' Ordine, una grazia che eleva i rapporti umani, psicologici, affettivi, amicali e spirituali tra i sacerdoti; una grazia che si espande, penetra, si rivela e si concretizza nelle forme d'aiuto reciproco, sia spirituale che umano".
La vera grandezza di questo Collegio però, che nasce dalla iniziale visione lungimirante sia della Congregazione per l'Evangelizzazione dei Popoli che della Pontificia Opera di San Pietro Apostolo, sta nel suo carattere di "universalità". Ed è per questo che la storia del Collegio è segnata da una linea di sviluppo progressivo, che lo ha portato ad una funzione insostituibile nella realizzazione delle finalità missionarie della Chiesa.
In questo Collegio i sacerdoti si trovano in una scuola veramente missionaria, dove si insegna una "missiologia" non astratta, ma concreta, vissuta, sperimentata, dove si apprende che qualunque ministero sacerdotale partecipa della stessa ampiezza universale della Missione affidata da Cristo agli Apostoli, che il sacerdozio di Cristo nel suo fondamento si dirige a tutti i popoli senza distinzione di stirpe, nazione o età.
Pertanto, proprio qui, in questo Collegio si spera ancora oggi, che maturi in tutti gli studenti una vera "passione" missionaria, che peraltro è già iscritta nell'evento stesso di Gesù Cristo, l'unico Salvatore del mondo.