Il Collegio, situato in Via Torre Rossa 40, fu ideato e costruito negli anni ’60 dalla Congregazione di Propaganda Fide (attualmente Congregazione per l’Evangelizzazione dei Popoli) per ospitare seminaristi provenienti dalle varie parti del mondo per lo studio della Filosofia. Il Collegio fu inaugurato ufficialmente il 3 dicembre 1965 da Sua Santità Paolo VI con la denominazione “PONTIFICIO COLLEGIO URBANO FILOSOFICO DE PROPAGANDA FIDE”.

Il 4 luglio 1974 il Collegio venne chiuso e messo a disposizione dell’Opera Romana Pellegrinaggi, assumendo la denominazione di “VILLA EMMAUS”, per organizzare congressi ed ospitare comitive di pellegrini provenienti da tutto il mondo in occasione dell’Anno Santo del 1975.
Dopo un’interruzione di alcuni anni la Congregazione decise di riaprire il Collegio come dimora per i sacerdoti provenienti dalle diocesi sotto la giurisdizione della stessa Congregazione per potersi specializzare nelle varie Università Ecclesiastiche Romane in diverse facoltà di studio e quindi, al rientro nei loro paesi d’origine, poter essere formatori nei Seminari locali, esercitare incarichi di lavoro pastorale od altre mansioni d’ufficio da parte degli Ordinari d’appartenenza.

Il 21 aprile 1977 fu riaperto ufficialmente e tutti i sacerdoti-studenti presenti al Collegio Urbano vennero trasferiti al nuovo domicilio di Via Torre Rossa; in data 17 dicembre 1977, con un Decreto Pontificio promulgato da Sua Santità Paolo VI, l’Istituto fu denominato: PONTIFICIO COLLEGIO MISSIONARIO INTERNAZIONALE SAN PAOLO APOSTOLO.

Nel corso degli anni si sono succeduti vari moderatori. 4 Rettori: Mons. Pellegrino RONCHI (attuale Vescovo di Città di Castello) dal 1977 al 1985; P. Francesco PAVESE dal 1985 al 1991; Mons. Delio LUCARELLI (attuale Vescovo di Rieti) dal 1991 al 1992; e P. Jozef KUC dal 1992 a tutt’ oggi. Inoltre vi sono stati 10 Vice-Rettori; 4 Padri Spirituali e 4 Economi.

Attualmente i moderatori sono:
P. Jozef KUC nato a Kostuchna (Polonia) il 23 febbraio 1934 – Rettore dal 1992
sacerdote religioso ordinato il 6 aprile 1957 ed appartenente agli Oblati di Maria Immacolata (OMI).
P. Paul SAGINALA nato a Cuddapah (India) il 12 giugno 1961 – Vice-Rettore dal 1998
sacerdote diocesano ordinato il 27 aprile 1987 ed appartenente alla diocesi di Cuddapah.
P. Benjamin FIIRITER nato a Nandom (Ghana) il 26 luglio 1962 – Vice-Rettore dal 2001
sacerdote diocesano ordinato il 15 dicembre 1990 ed appartenente alla diocesi di Wa.
P. Luigi BRUNO nato a Barge (CN) il 1 febbraio 1931 – Padre Spirituale dal 2000
sacerdote religioso ordinato il 27 giugno 1954 ed appartenente all’Istituto Missioni della Consolata (IMC).
Sig. Giuseppe DE ANGELIS nato a Roma il 7 giugno 1950 – Economo dal 2003
dipendente dal 21 aprile 1977 e primo laico a ricoprire questo incarico.

Dalla data del 21 aprile 1977 ad oggi, 8 dicembre 2003, il Collegio ha ospitato 1756 sacerdoti-studenti provenienti dal mondo intero (939 dall’Africa, 75 dall’America, 689 dall’Asia, 27 dall’Europa e 26 dall’Oceania). Da notare che nel corso degli anni, tra i sacerdoti-studenti entrati nel Collegio, “1” è stato consacrato Cardinale e ben “100” di loro sono stati consacrati Vescovi.